Sau cuộc bầu cử Ibrahim Boubacar Keita làm Chủ tịch, Sanogo được thăng cấp tướng bốn sao vào ngày 14 tháng 8 năm 2013; người ta tin rằng hành động này là một phần trong nỗ lực thuyết phục Sanogo nghỉ hưu, cho phép anh ta làm điều đó với nhân phẩm. Ngay trước khi Keita tuyên thệ nhậm chức Tổng thống, Sanogo đã bị miễn nhiệm chức vụ trưởng ban cải cách quân đội vào ngày 28 tháng 8 năm 2013.[21]

Vào ngày 27 tháng 11 năm 2013, Sanogo đã bị bắt và bị buộc tội đồng lõa trong vụ bắt cóc và mất tích của các đối thủ trong quân đội Malian. Ông vẫn bị giam giữ trong khi chờ xét xử.[22]